清水是H市正在建设的大型主题游乐场体感娱乐设施“宇宙飞船‘虚幻’号的冒险”项目负责人。 一天，正在“虚幻”号里维护程序的清水忽然莫名其妙地失踪了。 他的助手由真在控制台上发现了一张写着“艾达”字样的磁盘，随后被身份不明的人威逼索要…… 原来，“艾达”是用于观察“多重世界”的超大型超导粒子加速器，而围绕它将展开一场跨越平行世界、卷入古今人物的争斗……