阿尔法战争之后，人类夺回了未来控制权，但这静好的岁月却很快再起波澜。 冯大刚之子冯汉杰刚刚被楚南天带到川江基地，复活的萨拉丁便带领暴机器人突袭了基地，脑库守门人阿米丽塔在袭击中丧生。 冯汉杰从此踏上复仇之旅。与此同时，楚南天觉察到脑库的异常，前往探查却身陷困境。种种迹象表明，脑库已经失去控制。 各方力量汇聚北方，共同对脑库发起攻击。 冯汉杰成为赢得战争的关键，而他本人似乎也正在成为与脑库、与当年的阿尔法一样的超智慧存在。一幅惨烈壮阔的战争画卷就此展开。